Jadis, le peuple rat et la communauté souris étaient menacés par les scientifiques du laboratoire de N.I.M.H. La souris Jonathan Brisby les avait sauvés, devenant ainsi un héros. Aujourd'hui, Jonathan a disparu et sa veuve élève seule leurs enfants. Alors que les souris sont à nouveau menacées, le Grand Hibou fait appel à Timmy, l'un des fils Brisby, pour les sauver.
Prologue / Timmy and Martin — Lee Holdridge, Richard Sparks
My Life and My Love — Al Jarreau, Bobbi Page
Come Make the Most of Your Life — Dom DeLuise, Andrew Ducote, Arthur Malet, William H. Macy, Ensemble
Timmy Says Goodbye / Soaring with Jeremy — Lee Holdridge, Richard Sparks
Teaching Timmy / The Snake / The Wisdom of Mr. Ages — Lee Holdridge, Richard Sparks
I Will Show the World — Andrew Ducote, Alex Strange, Ralph Macchio
Timmy Meets Jenny / Killer, the Attack Dog / Jenny's Story / Muriel and Floyd — Lee Holdridge, Richard Sparks
Jenny's Plan / The Escape / Flight to N.I.M.H. / The Hawk Attacks — Lee Holdridge, Richard Sparks
Meeting Cecil / Search for the Great Owl — Lee Holdridge, Richard Sparks
Magic Mystery Show — Meshach, Dom DeLuise, Ralph Macchio, Hynden Walsh, Ensemble
Angry Animals / Another Escape / The Evil Martin — Lee Holdridge, Richard Sparks
Just Say Yes! — Eric Idle, Ralph Macchio
Taken Prisoner — Lee Holdridge, Richard Sparks
All I Had Is Gone — Ralph Macchio, Hynden Walsh
Breakout / Muriel and Floyd Get the Shaft / Trapped by Martin — Lee Holdridge, Richard Sparks
Escape from N.I.M.H. — Lee Holdridge, Richard Sparks
Finale (The Secret of NIMH 2) — Ensemble