Si Sam a fait ce qu'il a pu pour tirer un trait sur le conflit qui a eu lieu à Mission City et revenir à ses préoccupations quotidiennes, la guerre entre les Autobots et les Decepticons, tout en étant classée secret défense, a entraîné plusieurs changements. Le secteur 7 a ainsi été dissout et son plus fidèle soldat, l'agent Simmons, a été révoqué sans ménagement. Résultat : une nouvelle agence, NEST, a été mise en place...
Never Say Never — The Fray
Mikaela dit au revoir à Sam, alors qu’il quitte la ville pour aller à l’université.
Burn It to the Ground — Nickelback
0:34 2ème chanson à la frat party.
Burning Down the House — The Used
À la fête du collège; Sam commence à avoir des visions; Mikaela attend leur date de webcam.
Not Meant to Be — Theory of a Deadman
Sam et mikaela ont joué la bataille de la forêt
Real World — The All-American Rejects
I Don't Think I Love You — Hoobastank
Your Cheatin' Heart - Single Version — Hank Williams & Drifting Cowboys
(0:36) Dans la Camaro avec Alice, première chanson.
Theme (From "Jaws") — London Symphony Orchestra & John Williams
(0:36) Sam dans la Camaro/bourdon, deuxième chanson.
Super Freak — Rick James
(0:36) Dans la Camaro/Bourdon avec Alice, troisième chanson.
Brick House — Commodores
(0:39) Bumblebee pulvérise le passager de la voiture dans le visage
Transformers Theme — Anne Bryant & Ford Kinder
I'm So Excited — The Pointer Sisters
Réponse de Bumblebee lorsque Sam lui pose des questions sur l’université.
21 Guns — Green Day
(0:27) Sam emménage dans son dortoir; (répétitions) Générique de fin, deuxième chanson.
Einstein's Wrong — Steve Jablonsky
Nest (Contains Instrumental Excerpt) [From "New Divide" Written and Performed By Linkin Park] — Steve Jablonsky
The Shard — Steve Jablonsky
Sam laisse tomber la partition ; Les kitchenbots s’en viennent à la vie.
The Fallen — Steve Jablonsky
Infinite White — Steve Jablonsky
Heed Our Warning — Steve Jablonsky
The Fallen's Arrival — Steve Jablonsky
Tomb of the Primes — Steve Jablonsky
Forest Battle — Steve Jablonsky
Precious Cargo — Steve Jablonsky
Matrix of Leadership — Steve Jablonsky
Sam revient et ramène Optimus à la vie avec la matrice du leadership.
I Claim Your Sun — Steve Jablonsky
I Rise, You Fall — Steve Jablonsky
Transformers (The Fallen Remix) — Cheap Trick
Générique de fin.
This Is It — Staind
(2:25) Générique de fin, troisième chanson.
Almost Easy — Avenged Sevenfold
Générique de fin.
Capital M-E — Taking Back Sunday
(2:27) Générique de fin, quatrième chanson.
Let It Go — Cavo
(2:28) Générique de fin, cinquième chanson.
New Divide — Linkin Park
[Version instrumentale] Optimus prime dit merci à Sam. Prime envoie un message. Dans le générique de fin