En aidant Shepard à sortir de son asile à Bucarest, Sydney découvre la choquante connection qu'il a avec son passé. Pendant ce temps après avoir traqué le virus de la CIA, Sloane est confronté au représentant de l'Alliance, Alain Christophe qui suggère que une ou plusieurs taupes auraient infiltré le SD-6. Will continue d'enquêter sur la femme qui affirme avoir été la maîtresse de Danny et Sydney découvre la vérité sur l'implication de son père dans la mort de sa mère 20 ans avant.