La NSC découvre que c'est Sydney qui a tué le diplomate Russe Lazaray. La jeune femme est retrouvée à Rome - sur les traces de son passé - puis jetée en prison. Lindsay prend le contrôle de la CIA et décide de faire subir une opération à Sydney afin de lui faire recouvrer la mémoire sur ce qui lui est arrivé durant ces 2 dernières années ... Jack, Vaughn et Sloane s'unissent et mettent au point un plan pour éviter à Sydney, détenue par la NSC, cette opération qui lui détruirait la cerveau ...