Après que Lord Asriel ait ouvert un pont menant à un nouveau monde. Totalement désemparée par la mort de son meilleur ami Roger, Lyra suit Asriel dans l'inconnu. Au sein d'une mystérieuse cité abandonnée, elle fait la rencontre de Will, un jeune garçon venant du même monde que le nôtre et qui, tout comme Lyra, est hanté par un passé trouble.