Désormais contrôlé par l’agent Coulson, le S.H.I.EL.D. essaye doucement de se reconstruire, alors que tout espoir semble perdu. Quand l’Hydra se lance à la poursuite d’un artefact intercepté en 1945 par Peggy Carter, les derniers agents de l’ombre doivent tout mettre en œuvre pour l’en empêcher.