La psyché d'Asuka est réduite à néant depuis son affrontement avec Arael. La jeune adolescente a quitté la maison de Misato et loge chez la déléguée de sa classe. Elle est en proie à tous les cauchemars de son passé et devient incapable de piloter (son taux de synchronisation étant à zéro). Misato se rend compte que la NERV est bien autre chose que ce qu'on a bien voulue lui expliquer. Après avoir reçu une puce contenant des informations sensibles de Ryoji, elle veut découvrir la véritable nature des Evangelions et des activités menées par Gendo et Ritsuko. Elle décide d'attendre Ritsuko au cœur du Geo-Front, arme à la main, afin d'obtenir la réponse à ses questions lorsque...
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