Charlie et Lucas sont chargés de retrouver la trace d'un terroriste d'Ar-Rissalah qui est parvenu à prendre la fuite et à se cacher dans une forêt de Virginie...

Au QG à Langley, Charlie et toute son équipe sont sur le qui-vive, car Nick les a informés qu'il tient Omar Fatah et Sheik Hakam en ligne de mire. Une opération commando est donc programmée pour tuer les deux terroristes, tout en essayant de sauver Nick. Charlie et Constance Payton sont aux commandes de la manoeuvre. Elles doivent estimer au mieux les risques à prendre. Des sacrifices devront être faits pour mener à bien cette opération, et espérer écarter ce danger imminent...

La présidente Payton est de plus en plus critiquée pour sa gestion du terrorisme après l'attentat suicide de Stacy Dover. Charlie essaie tant bien que mal d'interroger les étudiants suspectés d'appartenir à la cellule terroriste, pour savoir si d'autres bombes sont cachées, mais aucun ne veut parler. Mais les services de renseignement savent que sept engins explosifs sont manquants. Une nouvelle attaque peut donc se produire à tout moment et il faut agir au plus vite. Par ailleurs, l'opération Bellerophon est compromise, alors que Nick Vera et Omar Fatah suivent une piste jusqu'aux Philippines...

Charleston Whitney Tucker, une agent de la CIA aux méthodes peu orthodoxes, a été recrutée directement par la Présidente des Etats-Unis pour devenir sa conseillère spéciale. Sa mission : prévenir les attaques sur le sol américain et cibler les menaces les plus critiques. De par sa position, elle est au centre du pouvoir. Une position qui créé des tensions au sein même de la Maison Blanche et qui allonge sa déjà longue liste d'ennemis...

Musique de la 1 saison de 11 l'épisode State of Affairs