Les cultures ont été récoltées grâce à la mise en place d'un feu qui a fait fuir les Abbies. Mais les vivres manquent, et Jason émet le souhait que Wayward Pines s'agrandisse au-delà de la clôture. Pam refait surface à Wayward Pines et commence à répandre un traitement mortel sur la ville. Suivant à la lettre les directives laissées par Pilcher, Megan, l'institutrice et également chef de la recherche scientifique, met en place une politique de procréation...