Le corps de "La Grenouille" a été retrouvé dans le port de Baltimore. Du coup, le NCIS fait l'objet d'une enquête menée par le FBI. Tandis que Gibbs est interrogé par l'agent Fornell, la directrice du NCIS Jenny Shepard, soupçonnée du meurtre, est relevée de ses fonctions. Leon Vance assure son remplacement.
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