Shinji commence à se poser des questions sur son rôle et celui de la NERV. Pourquoi les hommes combattent-ils les Anges, les Messagers de Dieu ? Misato, Ritsuko et Gendo détiennent-ils la réponse à ces questions ? La NERV est soudain privée d'électricité. Enfermés dans leur QG souterrain, les hommes de la NERV assistent impuissants à l'apparition d'un nouvel Ange qui fonce vers Tokyo-3. Tandis que l'ONU cherche à freiner l'avancée de l'Ange, Shinji, Asuka et Rei utilisent les sas d'urgence pour se rendre au QG, où les Evangelions sont préparées à la main pour l'attaque.
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