Misato se souvient du Second Impact qui provoqua la mort des trois-quarts de l'humanité. Encore enfant, elle fut sauvée par son père. Quinze ans plus tard, elle porte encore la marque tragique de ces événements mais la cache sous son uniforme et ses responsabilités. Un soir, elle organise une fête en l'honneur de Shinji, dont les capacités de pilote augmentent de façon exponentielle (au grand dam d'Asuka). A cette soirée, en plus des amis de Shinji, elle invite sa vieille amie Ritsuko ainsi que Ryoji Kaji, avec lequel elle semble partager un passé qu'elle garde secret.
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