À la demande de Ritsuko Akagi, Misato Katsuragi se résigne à superviser la première sortie de l'Evangelion Unité-03. Mais peu après le début des tests, l'Eva est possédée par un Ange et se retourne contre ses concepteurs. Elle porte en elle le pilote, Toji Suzuhara, prisonnier de l'Entry Plug. Asuka Langley Sohryu, Rei Ayanami et Shinji Ikari sont appelés en renfort et, sans le savoir, Shinji va devoir affronter l'un de ses meilleurs amis dans un combat sans pitié.
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