Durant son combat contre le Quinzième Ange, Shinji Ikari a atteint un taux de synchronisation de 400% avec son Eva. Lorsque le combat s'achève, Misato Katsuragi et les autres membres de la NERV découvrent avec horreur que Shinji a été assimilé avec l'Eva. Ses particules font désormais partie du liquide contenu dans l'Entry Plug, le LCL. Entre-temps, la conscience de Shinji l'entraîne, désormais immatériel, dans la plus profonde des introspection.
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